两者均表现妊娠猪流产和产死胎、公猪睾丸炎等症状。不同点是:衣原体病的病原为衣原体，病猪一般体温不高，临床上可见到肺炎、脑炎、多发性关节炎，剖检肺部肿大，子宫内膜充血水肿，并有坏死灶。而布鲁氏菌病的病原体是布鲁氏菌，流产多发生于受胎3个月的妊娠猪，产后胎衣常滞留不下，剖检子宫黏膜呈现化脓性病灶，也可见小米粒大的灰黄色结节。